E46 M3 denilince akla gelen ilk şey, tabii ki CSL adlı özel versiyon oluyor. Coupe Sport Liechtbau; yani hafifletilmiş spor coupe M3 modeli standart modele göre 18 bg ve 5 Nm daha fazla performans sunuyordu.

Normal modelde 6 ileri Getrag 420G manuel ve onu temel alan, elektro-hidrolik tahrikli, direksiyondaki kulakçıklardan kontrol edilebilen 6 ileri SMG-II otomatikleştirilmiş manuel şanzıman opsiyonları sunulurken CSL’de tek vites kutusu SMG-II idi. Yazılımı CSL için güncellenen şanzımanın vites geçiş hızı sadece 80 milisaniye idi.