Zonda C12’nin tanıtılmasının 1 yıl ardından Zonda’nın ilk versiyonu olan Zonda S, 2000 yılında Cenevre Otomobil Fuarı’nda tanıtıldı. Araçtaki değişiklikler ise ön lip, yeni sis farları, arkada daha farklı 2 parçalı bir rüzgarlık ve motor üzerinde yeni hava çıkışları gibi şeylerdi.

Aracın motor hacmi de 7 litreye yükseltilmişti ve gücünde de 105 beygirlik bir artış olmuştu. Aracın 2 yıllık üretim sürecinde de toplam 16 adet üretildi.