Zonda’nın bu yeni modelinde mevcut Zonda platformu yenilenmişti ve pratikte bu araç tamamen yeni bir araç gibi olmuştu. Bu araç da diğer birçok Pagani modeli gibi Cenevre Otomobil Fuarı kapsamında tanıtılmıştı, tanıtıldığı yıl da 2005 idi. Firmanın kurucusu Horacio Pagani, Zonda F’in ismindeki “F” harfini eski yarış pilotu arkadaşı Juan Manuel Fangio’nun ismindeki F harfine gönderme yapması için koyduğunu da açıklamıştı.

Aracın tasarımında da arka kısımda aynı Zonda Roadster’daki gibi camlı motor bölmesi bulunuyordu ve AMG üretimi V12 motor buradan görülebiliyordu. Bu araç ayrıca Pagani’nin bir rüzgar tüneli kullanarak tasarladığı ilk modeldi. Bu sayede de fazlasıyla aerodinamik bir gövdeye sahip olabilmişti. Aracın motor hacmi 7.3 litre olarak kalmaya devam ederken, gücü de 602 beygire yükselmişti. Zonda F ve Zonda F Clubsport’tan toplamda 25 adet üretildi ve bu modeller Pagani’nin bugüne kadarki en popüler araçlarından oldu.